Usage of new decamer primer MB1-9 to discriminate six Barbus fish species (Cyprinidae : Teleostei) in Iraqi freshwaters
Other Title(s)
استخدام باديء عشري جديد مصمم محليا للتمييز بين أسماك جنس Barbus (Cyprinidae : Teleostei) في المياه العذبة العراقية
Author
Source
Journal of Basrah Researches : Sciences
Issue
Vol. 40, Issue 3A (30 Sep. 2014), pp.148-155, 8 p.
Publisher
University of Basrah College of Education for Pure Sciences
Publication Date
2014-09-30
Country of Publication
Iraq
No. of Pages
8
Main Subjects
Topics
Abstract AR
إن أكثر أسماك الشبوطيات تشابها مظهريا في المياه العذبة العراقية من جنس Barbus هي الأنواع الستة Barbus xanthopterus, B.
kersin, B.
barbulus, B.
grypus, B.
sharpey and B.
luteus.
و للتمييز فيما بينها بطريقة جزيئية استخدمت طريقة التضخيم العشوائي للحامض النووي الرايبوزي منقوص الأوكسجين DNA بإتباع تقنية التفاعل البوليميريزي المتسلسل PCR-RAPD و أضيفت سمكة الكارب الشائع المحلي Cyprinus carpio كنوع خارجي لغرض المقارنة.
استخدم البادئ MBI-9 المصمم محليا لمسح و تضخيم قطع من الذخيرة الجينية للأنواع قيد الدراسة.
فحصت نواتج التفاعل باستخدام تقنية الترحيل الكهربائي على هلام الأكروز 2 % مع مسطرة جزيئية تشير لكل 100 زوج قاعدي.
حسبت القيمة التقريبية باستخدام معادلة الخط المستقيم الناتجة من علاقة اللوغارتم الطبيعي لحجم الحزم و المسافة التي قطعتها و رسم مخطط أعمدة مماثل لصورة الترحيل الكهربائي للحزم.
أوضحت النتائج استجابة جميع أنواع الأسماك المفحوصة للبادئ MBI-9 و أعطت نتائج جزيئية متغايرة من الحزم و قد احتوت على 26 حزمة لكل أنواع Barbus الستة و سمكة الكارب الشائع و قد توزعت على الأنواع من حزمة واحدة إلى ست حزم تبعا للأنواع بينما تراوحت بالحجم من 64 زوج قاعدي (و التي اعتبرت حزمة تشخيصية لأسماك هذه المجموعة) إلى 807 زوج قاعدي في سمكة النباش.
استنتجت الدراسة أن البادئ المستخدم كفوء للتمييز بين أسماك الجنس Barbusالمحلية.
و أكدت الدراسة أن تقنية التضخيم العشوائي مناسبة للتفريق بين أنواع أسماك المياه العذبة العراقية.
Abstract EN
The most similar commercial six Barbus fish species in Iraqi waters are Barbus xanthopterus, B.
kersin, B.
barbulus, B.
grypus, B.
sharpey and B.
luteus.
To discriminate molecularly among them using random amplification polymorphic DNA with in polymerase chain reaction (RAPD-PCR) technique.
Single decamer primer MBl-9 is designed locally to scan the genome and amplify DNA fragments.
The PCR products are tested on 2 % agarose gel electrophoresis with 100 bp ladder (standard molecular marker).
The result of the study revealed that the six Barbus spp.
Responded to the primer and gave different patern while the profile of DNA fragments showed 26 scorable bands for all six Barbus spp.
and Cyprinus carpio distributed from one to six bands per species while their sizes ranged from 64 bp which we can consider it as dignostic band to this group till 807 bp in B.
barbulus.
The approximate values of DNA fragments calculated by using the linear equation of trendline of the standard curve plot between natural logarithm of 100 bp ladder bands size versus the distance migrated by the bands.
In addition histogram is drawn as profile analog to the DNA fragment.
The study concluded that this single decamere primer MBl-9 is suitable to discriminate among the most similer six native Barbus spp.
and to confirm RAPD-PCR technique is efficient to differentiate among Iraqi freshwater fish species.
American Psychological Association (APA)
Faddagh, Mustafa Sami. 2014. Usage of new decamer primer MB1-9 to discriminate six Barbus fish species (Cyprinidae : Teleostei) in Iraqi freshwaters. Journal of Basrah Researches : Sciences،Vol. 40, no. 3A, pp.148-155.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-420281
Modern Language Association (MLA)
Faddagh, Mustafa Sami. Usage of new decamer primer MB1-9 to discriminate six Barbus fish species (Cyprinidae : Teleostei) in Iraqi freshwaters. Journal of Basrah Researches : Sciences Vol. 40, no. 3A (2014), pp.148-155.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-420281
American Medical Association (AMA)
Faddagh, Mustafa Sami. Usage of new decamer primer MB1-9 to discriminate six Barbus fish species (Cyprinidae : Teleostei) in Iraqi freshwaters. Journal of Basrah Researches : Sciences. 2014. Vol. 40, no. 3A, pp.148-155.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-420281
Data Type
Journal Articles
Language
English
Notes
Includes bibliographical references : p.153-154
Record ID
BIM-420281