Using the buried herbicide method to conduct genome wide association mapping for root depth in rice

Other Title(s)

استخدام طريقة دفن مبيد الأعشاب لرسم الخارطة الوراثية لصفة عمق الجذور في الرز

Joint Authors

Robinson, David
Kazim, Zaynab Karim
Price, Adam H.

Source

The Iraqi Journal of Agricultural Science

Issue

Vol. 45, Issue 8(s) (31 Dec. 2014), pp.940-955, 16 p.

Publisher

University of Baghdad College of Agriculture

Publication Date

2014-12-31

Country of Publication

Iraq

No. of Pages

16

Main Subjects

Agriculture

Topics

Abstract AR

يعد محصول الرز (Oryza sativa L.) واحد من أهم المحاصيل الغذائية في العالم.

نظرا لزيادة عدد السكان و شحة المياه في العالم لاسيما في المناطق الزراعية المائلة للجفاف أصبح من الضروري النظر في تطوير زيادة إنتاج المحاصيل الزراعية في هذه المناطق.

يلعب عمق الجذور دور مهم في امتصاص الماء من طبقات التربة العميقة و إدامة نمو النبات خلال فترات الجفاف.

بالنظر للتقدم العلمي في مجال الوراثة أصبح بالإمكان ربط الصفات الظاهرية للنظام الجذري إلى الصفات الكمية (QTLs) من أجل تطوير كفائة النظام الجذري في امتصاص الماء.

لذلك أصبح من الضروري تطوير تقنيات تسمح بتقييم الصفات الظاهرية للنظام الجذري.

إحدى التقنيات التي استخدمت في هذه الدراسة هي طريقة دفن مبيد الأعشاب Diuron على عمق 30 سم لتقييم عمق الجذور لـ 325 صنف من الرز ثم تحليل البيانات إحصائيا باستخدام efficient mixed model analyses.

كشفت نتائج التحليل عن أربع مواقع للصفات الكمية لها علاقة بصفة عمق الجذور اثنان على كروموسوم 1 و واحد على كل من كروموسوم 4 و 6.

فضلا عن ذلك, فقد تم تحديد و اختبار الجينات المرشحة تحت هذه المواقع التي يعتقد أن لها دور مهم جدا لصفة عمق الجذور في محصول الرز من خلال الأبحاث العلمية المنشورة.

لذلك إيجاد طريقة اقتصادية قليلة الكلفة, سهلة, يتم فيها تقييم أعداد كبيره من أصناف الرز و ربط الصفات الظاهرية مع الصفات الكمية تعد من الأهداف المهمة لمربي النبات في مجال مقاومة الجفاف.

Abstract EN

Rice (Oryza sativa L.) is one of the main staple foods of the world.

With the increase of population and the deficit of irrigation water, the increase in rice production that is predicted will be dependent on areas prone to drought.

Root depth is important for plant growth and survival during drought because of its role in facilitating water uptake from deep soil layers.

By advances in genomics, the plant root systems can be linked to quantitative trait locus (QTLs) information to achieve a most beneficial design of root system architecture.

There is a demand to develop and validate techniques that permit estimation of the root system.

Therefore, a buried herbicide method at depth 30 cm was used in this study to assess root trait in a total of 325 rice cultivars, allowing high resolution genetic mapping.

Using efficient mixed model statistical analysis for genome wide association, four associations were detected two on chromosome 1 and one on each of chromosome 4 and 6.

Positional candidate genes underneath QTLs were examined bioinformatically and through the literature revealing several interesting genes which may offer potential for developing drought resistant rice cultivars.

Therefore, developing a cost effective high-throughput system that can measure traits related to drought avoidance on a large number of plants would aid genetic studies in breeding and gene identification.

American Psychological Association (APA)

Kazim, Zaynab Karim& Price, Adam H.& Robinson, David. 2014. Using the buried herbicide method to conduct genome wide association mapping for root depth in rice. The Iraqi Journal of Agricultural Science،Vol. 45, no. 8(s), pp.940-955.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-542990

Modern Language Association (MLA)

Kazim, Zaynab Karim…[et al.]. Using the buried herbicide method to conduct genome wide association mapping for root depth in rice. The Iraqi Journal of Agricultural Science Vol. 45, no. 8 (2014), pp.940-955.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-542990

American Medical Association (AMA)

Kazim, Zaynab Karim& Price, Adam H.& Robinson, David. Using the buried herbicide method to conduct genome wide association mapping for root depth in rice. The Iraqi Journal of Agricultural Science. 2014. Vol. 45, no. 8(s), pp.940-955.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-542990

Data Type

Journal Articles

Language

English

Notes

Includes bibliographical references : p. 953-955

Record ID

BIM-542990