Identification and Characterization of Small Noncoding RNAs in Genome Sequences of the Edible Fungus Pleurotus ostreatus
المؤلفون المشاركون
Qu, Jibin
Zhao, Mengran
Hsiang, Tom
Feng, Xiaoxing
Zhang, Jinxia
Huang, Chenyang
المصدر
العدد
المجلد 2016، العدد 2016 (31 ديسمبر/كانون الأول 2016)، ص ص. 1-9، 9ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2016-09-15
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
9
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Noncoding RNAs (ncRNAs) have been identified in many fungi.
However, no genome-scale identification of ncRNAs has been inventoried for basidiomycetes.
In this research, we detected 254 small noncoding RNAs (sncRNAs) in a genome assembly of an isolate (CCEF00389) of Pleurotus ostreatus, which is a widely cultivated edible basidiomycetous fungus worldwide.
The identified sncRNAs include snRNAs, snoRNAs, tRNAs, and miRNAs.
SnRNA U1 was not found in CCEF00389 genome assembly and some other basidiomycetous genomes by BLASTn.
This implies that if snRNA U1 of basidiomycetes exists, it has a sequence that varies significantly from other organisms.
By analyzing the distribution of sncRNA loci, we found that snRNAs and most tRNAs (88.6%) were located in pseudo-UTR regions, while miRNAs are commonly found in introns.
To analyze the evolutionary conservation of the sncRNAs in P.
ostreatus, we aligned all 254 sncRNAs to the genome assemblies of some other Agaricomycotina fungi.
The results suggest that most sncRNAs (77.56%) were highly conserved in P.
ostreatus, and 20% were conserved in Agaricomycotina fungi.
These findings indicate that most sncRNAs of P.
ostreatus were not conserved across Agaricomycotina fungi.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Qu, Jibin& Zhao, Mengran& Hsiang, Tom& Feng, Xiaoxing& Zhang, Jinxia& Huang, Chenyang. 2016. Identification and Characterization of Small Noncoding RNAs in Genome Sequences of the Edible Fungus Pleurotus ostreatus. BioMed Research International،Vol. 2016, no. 2016, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1097087
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Qu, Jibin…[et al.]. Identification and Characterization of Small Noncoding RNAs in Genome Sequences of the Edible Fungus Pleurotus ostreatus. BioMed Research International No. 2016 (2016), pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1097087
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Qu, Jibin& Zhao, Mengran& Hsiang, Tom& Feng, Xiaoxing& Zhang, Jinxia& Huang, Chenyang. Identification and Characterization of Small Noncoding RNAs in Genome Sequences of the Edible Fungus Pleurotus ostreatus. BioMed Research International. 2016. Vol. 2016, no. 2016, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1097087
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1097087
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر