Potential Role of the Last Half Repeat in TAL Effectors Revealed by a Molecular Simulation Study
المؤلفون المشاركون
Chang, Shan
Hu, Jian-ping
Wan, Hua
Tian, Xu-hong
Wang, Mei-hua
المصدر
العدد
المجلد 2016، العدد 2016 (31 ديسمبر/كانون الأول 2016)، ص ص. 1-11، 11ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2016-10-10
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
11
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
TAL effectors (TALEs) contain a modular DNA-binding domain that is composed of tandem repeats.
In all naturally occurring TALEs, the end of tandem repeats is invariantly a truncated half repeat.
To investigate the potential role of the last half repeat in TALEs, we performed comparative molecular dynamics simulations for the crystal structure of DNA-bound TALE AvrBs3 lacking the last half repeat and its modeled structure having the last half repeat.
The structural stability analysis indicates that the modeled system is more stable than the nonmodeled system.
Based on the principle component analysis, it is found that the AvrBs3 increases its structural compactness in the presence of the last half repeat.
The comparison of DNA groove parameters of the two systems implies that the last half repeat also causes the change of DNA major groove binding efficiency.
The following calculation of hydrogen bond reveals that, by stabilizing the phosphate binding with DNA at the C-terminus, the last half repeat helps to adopt a compact conformation at the protein-DNA interface.
It further mediates more contacts between TAL repeats and DNA nucleotide bases.
Finally, we suggest that the last half repeat is required for the high-efficient recognition of DNA by TALE.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Wan, Hua& Chang, Shan& Hu, Jian-ping& Tian, Xu-hong& Wang, Mei-hua. 2016. Potential Role of the Last Half Repeat in TAL Effectors Revealed by a Molecular Simulation Study. BioMed Research International،Vol. 2016, no. 2016, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1098915
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Wan, Hua…[et al.]. Potential Role of the Last Half Repeat in TAL Effectors Revealed by a Molecular Simulation Study. BioMed Research International No. 2016 (2016), pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1098915
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Wan, Hua& Chang, Shan& Hu, Jian-ping& Tian, Xu-hong& Wang, Mei-hua. Potential Role of the Last Half Repeat in TAL Effectors Revealed by a Molecular Simulation Study. BioMed Research International. 2016. Vol. 2016, no. 2016, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1098915
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1098915
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر