ISOdb: A Comprehensive Database of Full-Length Isoforms Generated by Iso-Seq
المؤلفون المشاركون
Chen, Xiaozhou
Xie, Shang-Qian
Han, Yue
Cao, Tai-Yu
Ji, Kai-Kai
Zhu, Jie
Ling, Peng
Xiao, Chuan-Le
المصدر
International Journal of Genomics
العدد
المجلد 2018، العدد 2018 (31 ديسمبر/كانون الأول 2018)، ص ص. 1-6، 6ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2018-11-19
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
6
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
The accurate landscape of transcript isoforms plays an important role in the understanding of gene function and gene regulation.
However, building complete transcripts is very challenging for short reads generated using next-generation sequencing.
Fortunately, isoform sequencing (Iso-Seq) using single-molecule sequencing technologies, such as PacBio SMRT, provides long reads spanning entire transcript isoforms which do not require assembly.
Therefore, we have developed ISOdb, a comprehensive resource database for hosting and carrying out an in-depth analysis of Iso-Seq datasets and visualising the full-length transcript isoforms.
The current version of ISOdb has collected 93 publicly available Iso-Seq samples from eight species and presents the samples in two levels: (1) sample level, including metainformation, long read distribution, isoform numbers, and alternative splicing (AS) events of each sample; (2) gene level, including the total isoforms, novel isoform number, novel AS number, and isoform visualisation of each gene.
In addition, ISOdb provides a user interface in the website for uploading sample information to facilitate the collection and analysis of researchers’ datasets.
Currently, ISOdb is the first repository that offers comprehensive resources and convenient public access for hosting, analysing, and visualising Iso-Seq data, which is freely available.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Xie, Shang-Qian& Han, Yue& Chen, Xiaozhou& Cao, Tai-Yu& Ji, Kai-Kai& Zhu, Jie…[et al.]. 2018. ISOdb: A Comprehensive Database of Full-Length Isoforms Generated by Iso-Seq. International Journal of Genomics،Vol. 2018, no. 2018, pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1172912
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Xie, Shang-Qian…[et al.]. ISOdb: A Comprehensive Database of Full-Length Isoforms Generated by Iso-Seq. International Journal of Genomics No. 2018 (2018), pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1172912
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Xie, Shang-Qian& Han, Yue& Chen, Xiaozhou& Cao, Tai-Yu& Ji, Kai-Kai& Zhu, Jie…[et al.]. ISOdb: A Comprehensive Database of Full-Length Isoforms Generated by Iso-Seq. International Journal of Genomics. 2018. Vol. 2018, no. 2018, pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1172912
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1172912
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر