Investigating large-amplitude protein loop motions as extreme events using recurrence interval analysis

العناوين الأخرى

البحث في حركات حلقة البروتين ذات السعة الكبيرة باعتبارها أحداث قصوى باستخدام تحليل فترات التكرار

مقدم أطروحة جامعية

Ashur, Yasamin Ali

مشرف أطروحة جامعية

Karain, Wail

الجامعة

جامعة بيرزيت

الكلية

كلية العلوم

القسم الأكاديمي

دائرة الفيزياء

دولة الجامعة

فلسطين (الضفة الغربية)

الدرجة العلمية

ماجستير

تاريخ الدرجة العلمية

2020

الملخص العربي

نحن نبحث في حركات ذات الاتساع الكبيرة لـ 106 أزواج حلقة من الأحماض الأمينية في بروتين مثبط Blactamase باعتبارها أحداث قصوى باستخدام تحليل فترات التكرار.

نقوم في هذا العمل التوزيعات الاحتمالية (T) لفترات التكرار T بين خطوتين زمنيتين متتاليتين في سلسلة المسافة الزمنية فوق جهد قيمة عتبة موجبة ..

ثم تلائم هذه التوزيعات باستخدام قوانين الطاقة الأسية ونحسب القيم المعنوية المعاملات نموذج قانون الطاقة بعد ذلك، تطبق اقترانات احتمالية الخطر (W (t) | At للتنبؤ بحدوث أحداث ذات تقلبات كبيرة.

وفيما يلي النتائج الرئيسية التي حصلنا عليها : 1- قيم الأسس لقانون الطاقة تقع في الفترة [2.42-1.46] بينما معظمها تركز في الفترة .[1.70-1.79] 2- التوزيع الاحتمالي 106 أزواج من الأحماض الأمينية هي عبارة عن قانون طاقة يتناسب يقيم sp - value تتراوح من 0 إلى 0.81 .

العديد من قيم p تتجاوز القيمة المعنوية %10 3- باستخدام تحليل خصائص عامل الاستقبال (ROC)، نتوقع احتمالية وقوع الحدث الحرج معظم معدلات التنبؤ (97%) تتجاوز معدل التنبؤ العشوائي.

الملخص الإنجليزي

We investigate large amplitude motions of 106 loop pairs of residues in P-lactamase inhibitor protein BLIP as extreme events using recurrence interval analysis.

We prepare probability distribution functions Pq(x) of recurrence intervals t between two consecutive time steps in the distance time series above a range of positive threshold q > 0.

We fit these distribution using power laws, and calculate the significance values for the power model parameters.

After that, we apply hazard probability functions W(t|At) to forecast the occurrence of large volatility events.

Here are the main results we were obtained: i.

The power law exponents lie in the range [1.46 - 2.42] with most being in the range [1.70 - 1.79].

ii.

The probability distribution for the 106 pairs of residues are power law fitted with the p — values ranging from 0 to 0.81.

Many p-values exceed 10% significance level.

iii.

Using a '' receiver operator characteristic '' (ROC) analysis, we predict the probability of extreme event occurrence.

Most of the prediction rates (97%) exceed the random prediction rate.

التخصصات الرئيسية

الفيزياء

عدد الصفحات

39

قائمة المحتويات

• APA
• MLA
• AMA

لغة النص

الإنجليزية

نوع البيانات

رسائل جامعية

رقم السجل

BIM-1412976