Investigating large-amplitude protein loop motions as extreme events using recurrence interval analysis
Other Title(s)
البحث في حركات حلقة البروتين ذات السعة الكبيرة باعتبارها أحداث قصوى باستخدام تحليل فترات التكرار
Dissertant
Thesis advisor
University
Birzeit University
Faculty
Faculty of Science
Department
Department of Physics
University Country
Palestine (West Bank)
Degree
Master
Degree Date
2020
Arabic Abstract
نحن نبحث في حركات ذات الاتساع الكبيرة لـ 106 أزواج حلقة من الأحماض الأمينية في بروتين مثبط Blactamase باعتبارها أحداث قصوى باستخدام تحليل فترات التكرار.
نقوم في هذا العمل التوزيعات الاحتمالية (T) لفترات التكرار T بين خطوتين زمنيتين متتاليتين في سلسلة المسافة الزمنية فوق جهد قيمة عتبة موجبة ..
ثم تلائم هذه التوزيعات باستخدام قوانين الطاقة الأسية ونحسب القيم المعنوية المعاملات نموذج قانون الطاقة بعد ذلك، تطبق اقترانات احتمالية الخطر (W (t) | At للتنبؤ بحدوث أحداث ذات تقلبات كبيرة.
وفيما يلي النتائج الرئيسية التي حصلنا عليها : 1- قيم الأسس لقانون الطاقة تقع في الفترة [2.42-1.46] بينما معظمها تركز في الفترة .[1.70-1.79] 2- التوزيع الاحتمالي 106 أزواج من الأحماض الأمينية هي عبارة عن قانون طاقة يتناسب يقيم sp - value تتراوح من 0 إلى 0.81 .
العديد من قيم p تتجاوز القيمة المعنوية %10 3- باستخدام تحليل خصائص عامل الاستقبال (ROC)، نتوقع احتمالية وقوع الحدث الحرج معظم معدلات التنبؤ (97%) تتجاوز معدل التنبؤ العشوائي.
English Abstract
We investigate large amplitude motions of 106 loop pairs of residues in P-lactamase inhibitor protein BLIP as extreme events using recurrence interval analysis.
We prepare probability distribution functions Pq(x) of recurrence intervals t between two consecutive time steps in the distance time series above a range of positive threshold q > 0.
We fit these distribution using power laws, and calculate the significance values for the power model parameters.
After that, we apply hazard probability functions W(t|At) to forecast the occurrence of large volatility events.
Here are the main results we were obtained: i.
The power law exponents lie in the range [1.46 - 2.42] with most being in the range [1.70 - 1.79].
ii.
The probability distribution for the 106 pairs of residues are power law fitted with the p — values ranging from 0 to 0.81.
Many p-values exceed 10% significance level.
iii.
Using a '' receiver operator characteristic '' (ROC) analysis, we predict the probability of extreme event occurrence.
Most of the prediction rates (97%) exceed the random prediction rate.
Main Subjects
No. of Pages
39
Table of Contents
Table of contents.
Abstract.
Abstract in Arabic.
Chapter One : Introduction and background.
Chapter Two : Methods.
Chapter Three : Results and discussion.
Chapter Four : Conclusion.
References.
American Psychological Association (APA)
Ashur, Yasamin Ali. (2020). Investigating large-amplitude protein loop motions as extreme events using recurrence interval analysis. (Master's theses Theses and Dissertations Master). Birzeit University, Palestine (West Bank)
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1412976
Modern Language Association (MLA)
Ashur, Yasamin Ali. Investigating large-amplitude protein loop motions as extreme events using recurrence interval analysis. (Master's theses Theses and Dissertations Master). Birzeit University. (2020).
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1412976
American Medical Association (AMA)
Ashur, Yasamin Ali. (2020). Investigating large-amplitude protein loop motions as extreme events using recurrence interval analysis. (Master's theses Theses and Dissertations Master). Birzeit University, Palestine (West Bank)
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1412976
Language
English
Data Type
Arab Theses
Record ID
BIM-1412976
