Implementation of a Parallel Protein Structure Alignment Service on Cloud
المؤلفون المشاركون
المصدر
International Journal of Genomics
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-8، 8ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-03-25
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
8
التخصصات الرئيسية
العلوم الطبيعية والحياتية (متداخلة التخصصات)
الأحياء
الملخص EN
Protein structure alignment has become an important strategy by which to identify evolutionary relationships between protein sequences.
Several alignment tools are currently available for online comparison of protein structures.
In this paper, we propose a parallel protein structure alignment service based on the Hadoop distribution framework.
This service includes a protein structure alignment algorithm, a refinement algorithm, and a MapReduce programming model.
The refinement algorithm refines the result of alignment.
To process vast numbers of protein structures in parallel, the alignment and refinement algorithms are implemented using MapReduce.
We analyzed and compared the structure alignments produced by different methods using a dataset randomly selected from the PDB database.
The experimental results verify that the proposed algorithm refines the resulting alignments more accurately than existing algorithms.
Meanwhile, the computational performance of the proposed service is proportional to the number of processors used in our cloud platform.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Hung, Che-Lun& Lin, Yaw-Ling. 2013. Implementation of a Parallel Protein Structure Alignment Service on Cloud. International Journal of Genomics،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-472476
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Hung, Che-Lun& Lin, Yaw-Ling. Implementation of a Parallel Protein Structure Alignment Service on Cloud. International Journal of Genomics No. 2013 (2013), pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-472476
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Hung, Che-Lun& Lin, Yaw-Ling. Implementation of a Parallel Protein Structure Alignment Service on Cloud. International Journal of Genomics. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-472476
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-472476
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر