![](/images/graphics-bg.png)
ProBLM Web Server : Protein and Membrane Placement and Orientation Package
المؤلفون المشاركون
Sarkar, Subhra
Petukh, Marharyta
Alexov, Emil
Kimmett, Taylor
Witham, Shawn
Smith, Nicholas
المصدر
Computational and Mathematical Methods in Medicine
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-7، 7ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-07-14
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
7
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
The 3D structures of membrane proteins are typically determined without the presence of a lipid bilayer.
For the purpose of studying the role of membranes on the wild type characteristics of the corresponding protein, determining the position and orientation of transmembrane proteins within a membrane environment is highly desirable.
Here we report a geometry-based approach to automatically insert a membrane protein with a known 3D structure into pregenerated lipid bilayer membranes with various dimensions and lipid compositions or into a pseudomembrane.
The pseudomembrane is built using the Protein Nano-Object Integrator which generates a parallelepiped of user-specified dimensions made up of pseudoatoms.
The pseudomembrane allows for modeling the desolvation effects while avoiding plausible errors associated with wrongly assigned protein-lipid contacts.
The method is implemented into a web server, the ProBLM server, which is freely available to the biophysical community.
The web server allows the user to upload a protein coordinate file and any missing residues or heavy atoms are regenerated.
ProBLM then creates a combined protein-membrane complex from the given membrane protein and bilayer lipid membrane or pseudomembrane.
The user is given an option to manually refine the model by manipulating the position and orientation of the protein with respect to the membrane.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Kimmett, Taylor& Smith, Nicholas& Witham, Shawn& Petukh, Marharyta& Sarkar, Subhra& Alexov, Emil. 2014. ProBLM Web Server : Protein and Membrane Placement and Orientation Package. Computational and Mathematical Methods in Medicine،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-502192
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Kimmett, Taylor…[et al.]. ProBLM Web Server : Protein and Membrane Placement and Orientation Package. Computational and Mathematical Methods in Medicine No. 2014 (2014), pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-502192
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Kimmett, Taylor& Smith, Nicholas& Witham, Shawn& Petukh, Marharyta& Sarkar, Subhra& Alexov, Emil. ProBLM Web Server : Protein and Membrane Placement and Orientation Package. Computational and Mathematical Methods in Medicine. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-502192
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-502192
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)