Periodic Distribution of a Putative Nucleosome Positioning Motif in Human, Nonhuman Primates, and Archaea : Mutual Information Analysis
المؤلفون المشاركون
José, Marco V.
Li, Wentian
Mireles, Víctor
Bobadilla, Juan R.
Sosa, Daniela
Miramontes, Pedro
المصدر
International Journal of Genomics
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-13، 13ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-06-10
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
13
التخصصات الرئيسية
العلوم الطبيعية والحياتية (متداخلة التخصصات)
الأحياء
الملخص EN
Recently, Trifonov's group proposed a 10-mer DNA motif YYYYYRRRRR as a solution of the long-standing problem of sequence-based nucleosome positioning.
To test whether this generic decamer represents a biological meaningful signal, we compare the distribution of this motif in primates and Archaea, which are known to contain nucleosomes, and in Eubacteria, which do not possess nucleosomes.
The distribution of the motif is analyzed by the mutual information function (MIF) with a shifted version of itself (MIF profile).
We found common features in the patterns of this generic decamer on MIF profiles among primate species, and interestingly we found conspicuous but dissimilar MIF profiles for each Archaea tested.
The overall MIF profiles for each chromosome in each primate species also follow a similar pattern.
Trifonov’s generic decamer may be a highly conserved motif for the nucleosome positioning, but we argue that this is not the only motif.
The distribution of this generic decamer exhibits previously unidentified periodicities, which are associated to highly repetitive sequences in the genome.
Alu repetitive elements contribute to the most fundamental structure of nucleosome positioning in higher Eukaryotes.
In some regions of primate chromosomes, the distribution of the decamer shows symmetrical patterns including inverted repeats.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Sosa, Daniela& Miramontes, Pedro& Li, Wentian& Mireles, Víctor& Bobadilla, Juan R.& José, Marco V.. 2013. Periodic Distribution of a Putative Nucleosome Positioning Motif in Human, Nonhuman Primates, and Archaea : Mutual Information Analysis. International Journal of Genomics،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-511904
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Sosa, Daniela…[et al.]. Periodic Distribution of a Putative Nucleosome Positioning Motif in Human, Nonhuman Primates, and Archaea : Mutual Information Analysis. International Journal of Genomics No. 2013 (2013), pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-511904
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Sosa, Daniela& Miramontes, Pedro& Li, Wentian& Mireles, Víctor& Bobadilla, Juan R.& José, Marco V.. Periodic Distribution of a Putative Nucleosome Positioning Motif in Human, Nonhuman Primates, and Archaea : Mutual Information Analysis. International Journal of Genomics. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-511904
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-511904
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر