O18Quant : A Semiautomatic Strategy for Quantitative Analysis of High-Resolution 16O18O Labeled Data
المؤلفون المشاركون
Miyagi, Masaru
Zeng, Rong
Guo, Yan
المصدر
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-7، 7ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-05-11
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
7
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Proteolytic 18O-labeling has been widely used in quantitative proteomics since it can uniformly label all peptides from different kinds of proteins.
There have been multiple algorithms and tools developed over the last few years to analyze high-resolution proteolytic 16O/18O labeled mass spectra.
We have developed a software package, O18Quant, which addresses two major issues in the previously developed algorithms.
First, O18Quant uses a robust linear model (RLM) for peptide-to-protein ratio estimation.
RLM can minimize the effect of outliers instead of iteratively removing them which is a common practice in other approaches.
Second, the existing algorithms lack applicable implementation.
We address this by implementing O18Quant using C# under Microsoft.net framework and R.
O18Quant automatically calculates the peptide/protein relative ratio and provides a friendly graphical user interface (GUI) which allows the user to manually validate the quantification results at scan, peptide, and protein levels.
The intuitive GUI of O18Quant can greatly enhance the user’s visualization and understanding of the data analysis.
O18Quant can be downloaded for free as part of the software suite ProteomicsTools.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Guo, Yan& Miyagi, Masaru& Zeng, Rong. 2014. O18Quant : A Semiautomatic Strategy for Quantitative Analysis of High-Resolution 16O18O Labeled Data. BioMed Research International،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-512495
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Guo, Yan…[et al.]. O18Quant : A Semiautomatic Strategy for Quantitative Analysis of High-Resolution 16O18O Labeled Data. BioMed Research International No. 2014 (2014), pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-512495
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Guo, Yan& Miyagi, Masaru& Zeng, Rong. O18Quant : A Semiautomatic Strategy for Quantitative Analysis of High-Resolution 16O18O Labeled Data. BioMed Research International. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-512495
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-512495
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر