Molecular genetic fingerprint of some streptomyces isolated From Riyadh city
Other Title(s)
البصمة الوراثية الجزيئية لبعض عزلات البكتيريا الخيطية المعزولة من مدينة الرياض
Joint Authors
al-Qahtani, Munirah D. F.
al-Khalil, Abd Allah
al-Qadib, Siham
Hasan, Husam al-Din Zaki
Source
Saudi Journal of Biological Sciences
Issue
Vol. 15, Issue 2 (31 Dec. 2008), pp.243-251, 9 p.
Publisher
Publication Date
2008-12-31
Country of Publication
Saudi Arabia
No. of Pages
9
Main Subjects
Topics
Abstract AR
أجري هذا البحث لعمل البصمة الوراثية لخمسة عشرة عزلة من البكتيريا الخيطية التي تم جمعا من مدينة الرياض عن طريق استخدام تقنية التضاعف العشوائي المتباين للدنا حيث إعطاء اختبرت ثمانية من البادنات العشوائية 10-mer و لكن ثلاثة فقط من هذه البادنات و هي (OPK-10,OPF-5,OPA-16) نجحت في إعطاء نواتج متباينة و متكررة.
فقد أعطي كل من هذه البادنات تضاعف كثيف مشتملا على حزم واضحة كما أن البصمة الوراثية الناتجة عن كل بادئ ذات أنماط مميزة لكل عزلة من البكتيريا الخيطية من حيث عدد و أماكن الحزم على الجل أعطى البادئ OPA-16 19 حزمة كلها متباينة المظهر تم التعرف على حزمتين متفردة, بينما كانت باقي الحزم و عددها 17 متباينة غير متفردة.
أوضحت أنماط التضاعف العشوائي المتباين للدنا الناتجة بواسطة البادئ OPK-10 أربعة عشرة حزمة متباينة صنفت هذه الحزم إلى 4 متفردة 10 و حزم متباينة غير متفردة.
استخدمت الحزم النوعية الفريدة المجمعة و التي حققت التمييز الكامل لكل عزلة قيد الدراسة.
استخدمت النتائج المجمعة الناتجة من أنماط التضاعف العشوائي المتباين للدنا لتحديد درجات القرابة الوراثية بين عزلات البكتريا الخيطية قيد الدراسة قسمت شجرة القرابة الخمس عشر عزلة من البكتريا الخيطية غلى مجموعتين وقد لوحظت أعلى درجة للتشابه (0.851) بين العزلتين 13 و 14 بينما كانت أقل درجة للتشابه (0,000) بين العزلتين 5 و 6.
تشكر الباحثة / مختبر الهندسة الوراثية بحوث الموارد الطبيعية و البيئية في مدينة الملك عبد العزيز للعلوم و التقنية على التعاون البناء لإجراء هذا البحث.
Abstract EN
The present investigation was conducted to develop molecular fingerprints for fifteen Streptomyces isolates gathered from Riyadh city by using RAPD-PCR.
Three 10-mer random primers (OPB-16, OPF-05 and OPK-10) out of eight had successfully generated reproducible polymorphic products.
Each of the three primers displayed a strong amplification with distinct bands.
The fingerprints generated by these primers revealed characteristic profiles for each of the fifteen Streptomyces isolate, in terms of number and position of RAPD bands.
Primer OPB-16 generates a total of 19 polymorphic bands.
Two of these polymorphic bands were identified as unique ones.
While the remaining ones were detected as 17 non unique bands.
The generated RAPD profile with the primer OPF-05 shows a total of 23 polymorphic bands among the studied isolates.
It comprises one unique band and 22 non unique polymorphic ones.
Similarly, primer OPK-10 develops 14 polymorphic bands which scored as 4 unique and 10 non unique bands.
The unique bands were used to discriminate between some of the studied Streptomyces isolates.
In addition, the other recorded polymorphic bands (non unique) provided a considerable number of combined class patterns that completly discrimination between all the studied isolates. The results generated from RAPD profiles were pooled for drawing the genetic relationships among the examined Streptomyces species.
The constructed dendrogram tree divided the fifteen isolates into two groups.
The highest similarity value (0.851) was observed between the two isolates no.
13 and 14.
On the other hand, the lowest similarity value (0.000) was scored between the two isolates no.
5 and 6.
American Psychological Association (APA)
al-Qahtani, Munirah D. F.& al-Khalil, Abd Allah& al-Qadib, Siham& Hasan, Husam al-Din Zaki. 2008. Molecular genetic fingerprint of some streptomyces isolated From Riyadh city. Saudi Journal of Biological Sciences،Vol. 15, no. 2, pp.243-251.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-239470
Modern Language Association (MLA)
al-Qahtani, Munirah D. F.…[et al.]. Molecular genetic fingerprint of some streptomyces isolated From Riyadh city. Saudi Journal of Biological Sciences Vol. 15, no. 2 (Dec. 2008), pp.243-251.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-239470
American Medical Association (AMA)
al-Qahtani, Munirah D. F.& al-Khalil, Abd Allah& al-Qadib, Siham& Hasan, Husam al-Din Zaki. Molecular genetic fingerprint of some streptomyces isolated From Riyadh city. Saudi Journal of Biological Sciences. 2008. Vol. 15, no. 2, pp.243-251.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-239470
Data Type
Journal Articles
Language
English
Notes
Includes bibliographical references : p 249-250.
Record ID
BIM-239470