Pcr amplification of rapidly extracted dna from different pathogenic yeasts
Other Title(s)
تقنية ال PCR لمستخلص ال DNA من الأنواع المختلفة للخمائر الممرضة
Joint Authors
Shehata, Afaf Ibrahim
Abd al-Latif, Hamat Kamal
Arif, Ibrahim Abd al-Wahid
Source
Saudi Journal of Biological Sciences
Issue
Vol. 11, Issue 2 (31 Dec. 2004), pp.189-197, 9 p.
Publisher
Publication Date
2004-12-31
Country of Publication
Saudi Arabia
No. of Pages
9
Main Subjects
Topics
Abstract AR
الطريقة الحالية لاستخلاص الحمض النووي DNA من الخمائر و غيرها من الفطريات المختلفة تستغر فاستهلاك للوقت و تتطلب مواد كيميائية سامة و سرطانية.
علاوة على ذلك, صعوبة عزل الحمض النووي DNA من الخمائر نتيجة وجود الجدار الخلوي أو الكبسولة المقاومة للتحليل.
تستعرض هذه الدراسة سريعة و جديدة لعزل ال DNA باستخدام السرعة العالية (HSCD) High speed cell disruption و مواد أخرى مختلفة مثل Chaotropic reagents في هدم الخلايا و ذلك بالمقارنة بطريقة (PC extraction) Cholorlform – phenol و ذلك باستخدام أربعة أجناس مختلفة من الخمائر ذات الأهمية الطبية و هم : Saccharomyces cerevisie, Candida utilis, Cryptococcus neoformens and Trichosporon beigelii.
لقد تم استخدام عزل مستعمرات مختلفة بمعدلين هما 107, 108 CFU و ذلك للمقارنة من حيث الاستخلاص.
إن الاستخلاص الكامل للأربع عينات قد تم خلال ساعة باستخدام HSCD extraction مقرنة للستة ساعات مستخدما طريقة (PC – extraction).
و لقد أظهرت نتائج طريقة HSCD أهمية كبيرة في معدل النمو و الاستخلاص إحصائيا عند CFU 108 و ذلك لكل من Candida utitlis, and Trichosporon beigelii عند (P < 0.05) و عند CFU 107 لكل من Cryptococcus neoformens, S.
cerevisia عند (P < 0.05).
و كانت بنفس المعدل لل CFU 105 ل CFU Neoformens 107 ل C.
utitlis و ذلك باستخدام HSCD & PC – extractionز و بالنسبة لل T.
beigelii عند CFU 107 وجد أن PC – extraction نتج في معدل عالي بالنسبة لطريقة HSCD extraction و ذلك مقارنة ب PC – extraction و لقد استنتج أن الإنتاج الأعلى الذي حصل عليه عند CFU 107, 108 كان ذات أهمية باستخدام طريقة HSCD extraction و ذلك مقارنة ب PC – extraction و قد استنتج من هذه الدراسة أن طريقة الاستخلاص السريع لل DNA كانت عالية و قد تم التعرف على هذه النتائج باستخدام Polymerase chain reaction (PCR) لعمل DNA amplification و كذلك باستخدام Restriction fragment Polymorphism (RFLP) و خلاصة يمكن الاستنتاج أن الهدم الميكانيكي لخلايا الخميرة بواسطة HSCD – extraction كائن أسرع و أكثر أمنا و كفاءة لاستخلاص الحمض النووي DNA من الخمائر ذات الأهمية الطبية.
Abstract EN
DNA extraction from different pathogenic yeasts are often time-consuming and require the use of toxic and carcinogenic chemicals.
DNA isolation from yeast organisms is difficult due to cell walls or capsules that are not readily susceptible to lysis.
We therefore investigated a new and rapid DNA isolation method using high-speed cell disruption (HSCD) incorporating chaos tropic reagents and lysing matrices in composition to standard phenol-chloroform (PC) extraction protocols for isolation of DNA from four medically important yeasts (Saccharomyces cerevisiae, Candia utilis, Cryptococcus neogormens and Trichosporon beigelii )Two different inocula (107 and 108 CFU) were compared for optimization of obtained yields.
The entire extraction procedure was performed on as four samples within one hour compared to six hours for PC extraction.
In comparison to the PC procedure, HSCD DNA extraction demonstrated significantly greater yields for 108 CFU of C.
utilis, T.
beigeii (P ≤ 0.005), 107 CFU of C.
neoformans and S.
cerevisiae (P ≤ 0.05) yields were within the same range of 108 CFU of C.
neogormans and 107 CFU of C.
utilis for both HSCD extraction and PC extraction.
For 107 CFU of T.
beigelii, PC extraction resulted in a greater yield than did HSCD (P ≤ 0.05) Yields obtained from 108, 108 were significantly greater by the HSCD extraction than PC methods.
The rapid extraction procedure resulted in good yield, integrity, and quality of DNA as demonstrated by restriction fragment length polymorphism RFLP, polymerase chain reaction PCR.
We concluded that mechanical disruption of yeast cells by HSCD is a safe, rapid and efficient procedure for extracting genomic DNA from medically important yeasts.
American Psychological Association (APA)
Shehata, Afaf Ibrahim& Abd al-Latif, Hamat Kamal& Arif, Ibrahim Abd al-Wahid. 2004. Pcr amplification of rapidly extracted dna from different pathogenic yeasts. Saudi Journal of Biological Sciences،Vol. 11, no. 2, pp.189-197.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-240325
Modern Language Association (MLA)
Shehata, Afaf Ibrahim…[et al.]. Pcr amplification of rapidly extracted dna from different pathogenic yeasts. Saudi Journal of Biological Sciences Vol. 11, no. 2 (Dec. 2004), pp.189-197.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-240325
American Medical Association (AMA)
Shehata, Afaf Ibrahim& Abd al-Latif, Hamat Kamal& Arif, Ibrahim Abd al-Wahid. Pcr amplification of rapidly extracted dna from different pathogenic yeasts. Saudi Journal of Biological Sciences. 2004. Vol. 11, no. 2, pp.189-197.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-240325
Data Type
Journal Articles
Language
English
Notes
Includes bibliographical references : p. 195-196
Record ID
BIM-240325
