RNA 2D structure prediction : a review
Joint Authors
Hamidechi, Muhammad Abd al-Hafiz
Shahili, Hamzah
Source
Sciences et Technologie : Sciences de la Nature et de la Vie
Issue
Vol. 2016, Issue 44 (31 Dec. 2016), pp.16-24, 9 p.
Publisher
Publication Date
2016-12-31
Country of Publication
Algeria
No. of Pages
9
Main Subjects
Abstract EN
RNA, a macromolecule that provides several biological functions: gene translation into proteins, regulation of gene expression, prediction of 3D structure and RNA function, etc.
In this work, we will review the prediction of RNA secondary structures by dynamic programming based on the classical Nussinov algorithm.
We took into account four possible links between the nucleotides forming the RNA polymer chain (canonical GC, CG, AU AU bonds, wobble bonds: GU or UG, etc.).
The program tested in this work shows that the developed algorithm correctly predicts the different base pairs that enter the 2D structure of the RNA.
Abstract FRE
L’ARN, une macromolécule assurant plusieurs fonctions biologiques : Traduction des gènes en protéines, régulation de l’expression génique, structure 3D et fonction des ARN, etc.
Dans ce travail, nous allons passer en revue la prédiction des structures secondaires des ARN par programmation dynamique en s’appuyant sur l’algorithme classique de Nussinov.
Nous avons pris en compte quatre possibilité de liaisons entre les nucléotides formant la chaîne polymérique de l’ARN (liaisons canoniques GC, CG, AU UA, liaisons wobble : GU ou UG, etc.).
Le programme testé dans ce travail montre que l’algorithme dévelppé prédit correctement les différentes paires de bases qui entrent dans la structure 2D de l’ARN.
American Psychological Association (APA)
Shahili, Hamzah& Hamidechi, Muhammad Abd al-Hafiz. 2016. RNA 2D structure prediction : a review. Sciences et Technologie : Sciences de la Nature et de la Vie،Vol. 2016, no. 44, pp.16-24.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-902889
Modern Language Association (MLA)
Shahili, Hamzah& Hamidechi, Muhammad Abd al-Hafiz. RNA 2D structure prediction : a review. Sciences et Technologie : Sciences de la Nature et de la Vie No. 44 (Dec. 2016), pp.16-24.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-902889
American Medical Association (AMA)
Shahili, Hamzah& Hamidechi, Muhammad Abd al-Hafiz. RNA 2D structure prediction : a review. Sciences et Technologie : Sciences de la Nature et de la Vie. 2016. Vol. 2016, no. 44, pp.16-24.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-902889
Data Type
Journal Articles
Language
English
Notes
Includes bibliographical references : p. 24
Record ID
BIM-902889
